Mặc dù câu chuyện trong Way of the Samurai đi theo sau một cốt truyện cơ bản được cung cấp ở trên, nhưng trong những sự kiện thực tế mà người chơi tham gia lại phụ thuộc rất lớn vào những quyết định trong khi chơi. Ngay khi vào Đèo Rokkotsu, người chơi sẽ phải đối mặt với một nhóm các samurai đang cố gắng bắt cóc một cô gái trẻ. Người chơi có quyền lựa chọn giải cứu cô gái, tham gia cùng nhóm của kẻ bắt cóc, hoặc hoàn toàn lờ đi sự việc. Mỗi quyết định này sẽ dẫn người chơi đi theo một con đường khác nhau, dẫn đến cái nhìn rất khác nhau của cốt truyện chính.

Những quyết định của người chơi cũng sẽ dẫn đến kết quả trực tiếp về lòng trung thành của Kenji trong cốt truyện. Người chơi có thể lựa chọn tham gia gia tộc Kurou hay băng Akadam hoặc là hỗ trợ và bảo vệ người dân vô tội, hoặc không có mặt và quan sát các sự kiện như người ngoài với sự tham gia trực tiếp tối thiểu. Người chơi cũng có thể chọn để giúp một phe phái và sau đó chuyển lòng trung thành về sau trong trò chơi.

Theo kết quả của từng nhánh cốt truyện, Way of the Samurai có bảy kết thúc khác nhau, đặc biệt là kết thúc do người chơi thu thập được dựa trên phe đó, nếu có, Kenji cũng có thể tự mình liên minh và hành động một mình trong suốt quá trình diễn biến của game.